De nombreuses sectes bouddhiques apparurent dans la seconde moitié du XIe siècle, comme les sectes Nyingma, Gatang, Sagya, Gagyu, Gelug, Zhigyed, Gyoyul, Gyonang, Kodrag et Xalhu. Les cinq demières étaient plutôt faibles, car elles ne bénéficiaient d'aucun soutien politique. Elles durent done unir leurs forces, ou furent absorbées par d'autres sectes, si bien qu'elles tomberent dans l'oubli en tant qu'entites particulières. Les cinq autres étaient extrêmement populaires.

La secte Nyingma (Secte Rouge). Cette secte fondée au XI siècle, est la secte la plus ancienne du bouddhisme tibétain. Elle a assimulé les aspects les meilleurs de la religion Bon et, par ailleurs, s'est efforcée de retrouver les soutras bouddhiques cachées lorsque Darma avait essayé d'éliminer le bouddhisme. Cette secte, dont le bouddhisme avait ses origines profondes dans le royaume de Tubo du VIIIe siècle, s'appelait elle-même Nyingma, mot qui signifie ancien en langue tibétaine. Les moines de la secte Nyingma portaient des bonnets rouges, d'ou le nom de Secte Rouge. Elle prône principalement fetude du tantrisme. Sa doctrine, qui a été profondement influencée par le bouddhisme de langue chinoise, est tout à fait similaire à celle de l'école Chand de bouddhisme qui s'est développée dans le reste de la Chine. Aujourd'hui, la secte rouge est répandue non seulement dans les régions de Chine peuplées de Tibétains, mais aussi en Inde, au Bhoutan, au Nepal, en Belgique, en Grèce et en France, ainsi qu'aux Etats-Unis.