Au début du XIIIe siècle, Temujin (Genghis Khan), qui réussit à subjuguer des tribus indépendantes et des forces locales, fonda le Khanat mongol. En 1247, Sakya Pandita, le chef de la secte bouddhiste Sakya au Tibet, et son neveu Phagpa, rencontrèrent le prince mongol Godan, pétit-fils de Genghis Khan, à Liangzhou (dans l'actuelle province du Gansu), et discutèrent avec lui des problèmes concernant l'engagement d'allégeance du Tibet envers le Khanat mongol. A l'occasion de son accéssion au trône, en 1260, Kubilay Khan conféra à Phagpa le titre de "Précepteur d'Etat" et lui remit un sceau en jade, symbole du pouvoir politico-religieux dont celuici fut ainsi investi au Tibet. Ce fut le debut de la théocratie dans cette région.

En 1271, Kubilay Khan donna a l'empire sur lequel il régnait le nom de Dynastie Yuan. En 1279, il unifia la totalité du territoire de la Chine. Ainsi, le Tibet devint une région administrative placée sous la juridiction directe du gouvernement central de la Chine.

La dynastie des Yuan établit, en tant qu'organe de son gouvernement central, le Xuan Zheng Yuan (Commission pour les Affaires bouddhistes et tibétaines) qui fut chargé des affaires concernant le bouddhisme à travers la Chine tout entière ainsi que des affaires civiles et militaires au Tibet. Le gouvernement central mit également sur pied au Tibet trois Bureaux de Commissaire a la Pacification. Le U-Tsang (ancien nom du Tibet) était divisé en trois regions et 13 brigades.

La nomination des officiels tibétains devait être approuvée par la cour des Yuan. Celle-ci proceda au Tibet à un recensement, instaura un régime de corvées et d'impôts et créa des postes de relais et des marchés monopoleurs.