Sous la dynastie des Qing, le gouvernement central de la Chine renforga encore davantage son autorité sur le Tibet. En 1652, le Cinquième Dalai Lama présenta, à Beijing, ses hommages a l'empereur qui, l'année suivante, lui conféra le titre de "Dalai Lama, Bouddha de la Grande Compassion du Paradis de l'Ouest, Chef de la Foi bouddhiste sous le Ciel, Vajradhara omniscient" et lui remit une nomination en feuilles d'or et un sceau en or. En 1713, le Cinquième Panchen Lama se vit décerner le titre de "Panchen Erdeni", de même qu'une nomination en feuilles d'or et un sceau en or. Depuis, le gouvemement central de la dynastie des Qing reconnut officiellement le statut politique et religieux ainsi que les pouvoirs du Dalai Lama et du Panchen Lama au Tibet.

En 1727, la dynastie des Qing instaura le poste de Grand Ministre Résident au Tibet.

En 1751, le Kashag—Conseil administratif du gouvemement tibétain, compose de quatre ministres (Kalon)— fut établi officiellement au Tibet.

Et en 1793, le gouvemement central des Qing promulga l' "Ordonnace impériale pour une Administration plus efficace du Tibet". Cet édit en vingt-neuf articles comportait une série de règlements concrets et précis concemant la gestion du personnel ainsi que des affaires administratives, financières, militaires et extérieures du Tibet. Cette Ordonnance instituait le système du "Tirage au Sort de l'Urne d'Or". Ainsi, la réincarnation du Dalai Lama, du Panchen Erdeni et des autres Bouddhas vivants de la secte des Bonnets jaunes devait, dès lors, être confirmée par le gouvemement central.